小网站查重是指对小型网站或个人网站的内容进行查重，主要针对局部内容的原创性进行检测。通常使用的工具有百度查重等。而学术查重则是指对学术这一学术资源库中的文献进行查重，主要用于检测学术论文的抄袭情况。学术查重更注重文献的全面性和专业性，通常使用的工具有学术查重系统。

另外，小网站查重更注重对网站内容的排重和去重，以确保网站内容的独特性和原创性，避免被搜索引擎降权或惩罚。而学术查重则更注重学术领域的严谨性和学术规范，对文献的引用和抄袭进行检测，以维护学术界的学术诚信和学术规范。两者在应用场景和检测对象上有明显的区别。