万方论文查重是指通过万方数据库对学术论文进行查重检测，主要针对中文文献的查重工作。而知网查重则是指利用知网数据库对学术论文进行查重，主要针对英文文献的查重工作。两者的主要区别在于查重的对象不同，一个主要针对中文文献，另一个主要针对英文文献。

此外，万方论文查重的算法和知网查重的算法也有所不同。万方论文查重更注重对中文语境的理解和分析，而知网查重则更注重对英文语境的处理。因此，在实际应用中，用户可以根据自己的需求和文献来源选择合适的查重工具，以获得更准确的查重结果。