在使用论文查重软件时，首先要保证文档格式的准确性，避免因为格式问题导致查重不准确。其次，要定期更新软件版本，以确保查重算法的准确性和有效性。另外，在使用过程中要注意保护个人隐私信息，避免泄露。最后，要结合软件的使用说明，灵活运用软件的功能，提高查重效率。

除了注意文档格式和软件版本更新外，还应该注意避免盲目信任查重结果，要结合自己的专业知识和经验进行结果分析和判断。同时，在使用过程中要保持耐心和细心，避免因为粗心大意导致遗漏重复内容。另外，建议在使用前先阅读软件的操作指南，了解软件的功能和使用方法，以便更好地利用软件进行查重工作。